我国水产养殖[养殖是指培育和繁殖动植物。]生物基本上都是野生型[野生型（wild type）和突变也是相对来说的。]，未经过家化过程的遗传改良，因而，除保留了野生型对环境[人类生存的空间及其中可以直接或间接影响人类生活和发展的各种自然因素称为环境。]温度等变化适应性[适应性（adaptation），即通过生物的遗传组成赋予某种生物的生存潜力，生态学术语。]较强的优点外，更多地表现为对养殖环境变化的不适应性，如密度变化、营养条件、病原体的侵害和恶化的水环境等。由于海水养殖野生型种类的种质难以适应逐渐恶化的环境，经过长期密集养殖后易发生大规模死亡。此外，野生型群体经过数代养殖后，其子孙性状分离，可能有一部分个体是对某些环境（病原）的敏感型，易发生死亡，并诱发其他个体的死亡。这就是我国水产养殖的第一个隐患种质问题。
此外，在淡水养殖中，由于环境恶化等原因，草鱼等病害严重。在传统海水池塘对虾、滩涂贝类养殖中，养殖种类或类群单一问题由来已久。目前，我国海水养殖业[养殖业是利用畜禽等已经被人类驯化的动物，或者鹿、麝、狐、貂、水獭、鹌鹑等野生动物的生理机能，通过人工饲养、繁殖，使其将牧草和饲料等植物能转变为动物能，以取得肉、蛋、奶、羊毛、山羊绒、皮张、蚕丝和药材等畜产品的生产部门。]中在不同生态类型海区的养殖种类结构不合理的现象非常普遍，如某海区适于某种生物养殖，其养殖生物量就会严重超过环境负荷，进行掠夺式养殖。局部海区长期结构单一的密集养殖，使生态系统[生态系统简称ECO，是ecosystem的缩写，指在自然界的一定的空间内，生物与环境构成的统一整体，在这个统一整体中，生物与环境之间相互影响、相互制约，并在一定时期内处于相对稳定的动态平衡状态。]能量和物质由于超支而贫乏，造成循环过程紊乱和生态失调，致使某些污损、赤潮和病原生物异常发生，而且由于系统中的生物种群多样性低，食物链短，能量转化率虽高，但是生态系统的稳定性差，极易引发病害的发生和流行。这是我国水产养殖的第二个隐患病害问题。
第三是环境问题。据统计，我国每年直接入海的废水量高达80亿吨。另外，大量富含有机质[有机质泛指土壤中来源于生命的物质，包括土壤微生物和土壤动物及其分泌物以及土体中植物残体和植物分泌物。]、无机氮和磷及有机农药的农业污水也随泾流进入内陆水体与近海水域，致使养殖水质恶化，严重地影响养殖种类的生存和生长。
除了外源污染物[污染物，英文为pollutant。]的进入外，养殖业本身对养殖水域生态环境的影响也是不容忽视的。大量新增加的养殖设施使养殖区及其毗邻水域流场发生改变，而且，由于养殖设施的屏障效应，使流速降低，影响了营养物质的输入和污物的输出，使陆源污染物得不到及时的稀释扩散，滞留在养殖水域。由于堆积了大量生产加工过程的废弃物等有机物并矿化，使海底和池底抬升，水深变浅，既降低了水域的使用功能，也成为二次污染的污染源。此外，植物性种类有机质的溶出，动物性种类养殖过程中的人工残饵及代谢产物的排放等都对水域环境造成危害。
造成以上现象的原因首先是缺乏系统的基础理论[基础理论指一门学科的基本概念、范畴、判断与推理。]和高新技术研究。目前，我国水产养殖理论和技术已经满足不了实际生产的需要，科研滞后于生产的现象已经严重影响我国海水养殖业的发展。多年来我国科研工作者在海水养殖理论和技术方面缺乏真正的突破，这也从另一个侧面反映出国家和有关部门对海水养殖基础理论研究重视和投入的不足。
其次是缺乏整体开发利用的战略意识。不合理开发加剧人类活动对湖泊、河口和海岸带资源与环境的影响和破坏。近年来，我国滩涂埋栖性贝类资源的严重衰退，与沿岸带不合理开发破坏滩涂埋栖性贝类赖以生存繁衍的栖息地密切相关。如干旱地区利用昂贵的地表水和**水[**水（ground water），是指赋存于地面以下**空隙中的水，狭义上是指**水面以下饱和含水层中的水。]养鱼，虽然获得了短期的经济效益，但也造成**水趋向枯竭，导致局部地面下沉，进而导致海水倒灌，后果不堪设想。
新世纪我国水产养殖业将朝着生态养殖和工程养殖方面发展。其理论基础是运用现代生物学理论和生物与工程技术，协调养殖生物与养殖环境的关系，达到互相友好、持续高效。其总体目标是：实现养殖生物良种化、养殖技术生态工程化、养殖产品优质高值化和养殖环境洁净化，最终实现水产养殖业的可持续发展。
