在人工育苗期间，扇贝幼虫[幼虫，是动物个体发育中颇具形态和生理特点并有胚胎性质的发育阶段；一般具有暂时性专有**或构造以适应其独自生活方式的需要，但在直接发育形式下的幼体则无此情形。]很容易感染[《感染》 是一部由落合正幸执导的恐怖电影。]细菌[细菌（学名：Bacteria）是生物的主要类群之一，属于细菌域。]和真菌，引起大批死亡。
细菌病常见的有弧菌，有一种鳗弧菌专营分解有机体，在很短的时间内使幼体[ ...]面盘[面盘，古时指洗脸盆（木制）。]分解，这种病状特别是在采卵后的5～7天内发生，蔓延极快，6～8小时能致死全部幼虫。目前这种病原细菌引起的疾病一旦发现尚无治疗的方案，只能预防[预防是指预先做好事物发展过程中可能出现偏离主观预期轨道或客观普遍规律的应对措施，汉语拼音为yù fáng，注音为ㄧㄩˋ ㄈㄤˊ。]。预防方法：增强亲贝育肥时的体质，每天倒池育肥，彻底清除细菌病原地，幼虫培育时勤倒池（3天倒池一次），倒池后用高锰酸钾，消毒[消毒 是指**病原微生物、但不一定能**细菌芽孢的方法。]清理池底。
其次为假单胞杆菌属和气单胞杆菌，这些细菌平时蕴藏在海水、底泥、池底污染物，动物的体表或消化道内都可能找到，条件一旦适宜便大量繁殖侵入扇贝幼虫或稚贝的组织中成为致病菌。受感染的幼虫下沉至池底，面盘纤毛短缺不齐，活动能力减弱，不久就大批死亡。在显微镜[显微镜是由一个透镜或几个透镜的组合构成的一种光学仪器。]下可见幼虫组织内发现溃疡甚至分解。此病治疗效果不显著，预防方法：清除培育池底代谢物及残饵，防止引起细菌繁殖。
在幼虫培育时常有一种霉菌和真菌感染幼体足肌部分，这种病情常在幼虫壳长168微米后发现，病菌感染缓慢，在显微镜下很清楚见到幼体生长发育时壳长、壳高不断增长，内部**也正常发育，但足肌特别是足蹠部分开始溃烂，失去爬行功能，在眼点幼虫后期，出现几率高，面盘开始萎缩退化，而足肌溃烂，使幼虫下沉死亡。
目前对于海水中的细菌处理尚无很好办法，采取预防的措施是主要的，经常彻底清理池底，消毒池底，勤倒池，除此之外最有效的办法是用紫外线消毒海水。
