基因数据库有哪些（基因组数据库有哪些）

资源|基础研究常用数据库汇总

Metascape是一个免费的基因注释和分析资源库，旨在帮助生物学家理解一组正交蛋白发现研究中的常见或独特途径和蛋白质网络。XTalkDB研究信号通路间相互作用，为系统生物学研究提供重要支持。转录因子的研究主要依赖于iRegulon、TFcheckpoint等数据库。

首先，NHANES（国家健康和营养检查调查）数据库，作为基础医疗研究的基石，它每两年更新一次，拥有大量免费且全面的疾病数据，包括患病率和风险因素，是研究身高、体重和血压等指标的理想平台。

截至2024年5月3日，企研数据涵盖了丰富多样的数据资源，为用户提供全面的市场洞察和决策支持。四大基础数据库包括：招聘数据、工商数据（涉及工企与海关数据的ID）、专利数据（涵盖工商、工企、海关数据的ID）以及裁判文书数据。

常用中文数据库有： 中国知网（CNKI）：中国知网是国内最大的学术文献数据库之一，涵盖了各类学术刊物、会议论文、博士论文等文献资源。其以学科分类为基础，提供文献检索、引文关联、学术趋势等多种功能。

基因检测报告都用了哪些数据库?

1、人群数据库方面，dbSNP数据库、gnomAD数据库、ExAC数据库和1000 Genomes数据库提供了人类单核苷酸变异、微卫星、小片段插入和缺失、频率、分子检测结果及基因组定位等信息。其中，gnomAD数据库最大，包含基因基本、覆盖度、变异位点详细信息。1000 Genomes数据库在群体遗传变异研究中起到关键作用。

2、GeneReviews数据库 GeneReviews是一个国际性的资源平台，主要聚焦于单基因遗传病，提供遗传相关疾病的临床知识与操作指导。HPO数据库 HPO提供了人类疾病中遇到的表型异常的标准化词汇表。序列数据库 用于查询参考基因序列。

3、HGMD，致病突变数据库，专门收录对健康有直接影响的突变，是临床决策的重要参考。ClinVar和InterVar则是临床变异评估的双引擎，它们结合专业知识，为变异的致病性提供严谨的评判。

4、常见的基因检测技术包括全外显子组测序（whole exome sequencing， WES）和全基因组测序（whole genome sequencing， WGS），这些技术可以同时检测上千个基因位点。因此，基因检测报告中通常包含1千多个位点的检测结果，这是正常的。

5、PMID是指生物医学领域最常用的文献数据库Pubmed的文献编号，可在Pubmed网站查到这两篇文献的摘要/全文。

基因序列数据库有哪些

基因序列数据库主要有以下几个： GenBank GenBank是NCBI旗下的一个基因序列数据库，包含众多生物物种的基因序列信息。它是一个公共的、可自由访问的数据库，研究者可以在这里查找、获取和分析基因序列数据。

序列数据库如NCBI Gene数据库和UCSC Genome Browser提供参考基因序列查询，整合来自广泛物种的信息。综合性肿瘤数据库如OncoKB、COSMIC和TCGA关注分子突变图谱、治疗、诊断和预后信息。OncoKB数据库基于FDA和NCCN资料，提供特定癌症基因及其体细胞变异的生物效应、致癌性、治疗、诊断和预后信息。

基因组数据库有多个。 国际基因组数据库 这是一个全球性的基因组数据资源平台，涵盖了大量的基因组数据，为科研人员提供基因序列的检索、比对和分析功能。该数据库包含了来自不同物种的基因组信息，包括人类、动植物以及其他生物。它是进行基因组学研究的重要工具之一。

首先，Silva数据库是三域微生物（细菌、古菌、真核生物）的rRNA基因序列数据库，包括16S和18S rRNA序列数据。它在2020年8月更新的版本138中包含了大量的数据，适用于小亚基和大亚基rRNA基因序列的分析。

NCBI，作为美国国家生物技术信息中心的核心，致力于生物信息学数据的收集、管理和分析。其提供的基因组数据库、蛋白质数据库、序列数据库等资源，为生物学家们在基因组学、蛋白质组学以及分子生物学领域提供了坚实的基础。

Gene数据库：专门存储不同物种的基因信息，包括基因功能和结构解析。Nucleotide数据库：收录了广泛的DNA和RNA序列，包括编码基因和非编码区域。Protein数据库：聚焦于已知蛋白质序列，便于查询其结构和功能特性。Genome数据库：储存了各种生物的基因组序列，如人类和小鼠的基因组数据。

世界上主要的基因库有哪几个

1、日本DNA数据库：日本DNA数据库，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与美国国立生物技术信息中心，欧洲生物信息研究所数据库共同组成国际DNA数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据 库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。

2、世界三大基因库名字？挪威种子银行 在农作物科学家的要求下，挪威**早在2007年在距北极1000公里的一个岛屿的永冻层深处建立了一个“种子库”。这个300万美元的种子银行被设计用来储存世界上所有已知作物的近200万颗种子。挪威**表示，这将是世界上最安全的基因库。

3、中国。世界最大综合性基因库在中国。位于深圳的国家基因库，以数字形式储存着超过65PB的基因数据，包括动物、植物、微生物等一切可知、可获得的生命基因。所有的保存，都是在共同守护大自然赋予的生物多样性。

临床基因组分析相关数据库汇总

1、基因组拷贝数变异分析数据库专门用于检测和分析基因组中拷贝数的增加或减少，对于理解遗传变异与复杂疾病的关系至关重要。其他数据库 此外，还有一些专门针对特定领域或特定类型遗传变异的数据库，如特定疾病相关变异数据库或特定物种基因组数据库，丰富了基因组学研究的资源。

2、GDSC数据库（癌症项目中的药物敏感性基因组学项目）是一个由Wellcome Sanger研究院和马萨诸塞州综合医院癌症中心合作的项目。它整合了1000多种抗癌治疗药物的基因特征信息，为癌症细胞药物敏感性和药物反应分子标志物提供了最大的公共资源。研究人员可以通过GDSC数据库免费获取药物敏感性数据和遗传相关性信息。

3、DAVID（The Database for Annotation， Visualization and Integrated Discovery）数据库，主要进行基因功能和通路注释分析，包括注释关联、功能分类等，适合将基因列表转化为功能相关的基因信息，以辅助高通量技术获得的生物信息筛选。

4、dbSNP数据库（https：//）：NCBI提供的变异数据库，包括SNPs和各类变异，用户提交和参考SNP区分，提供变异详细信息和相关研究链接。 gnomAD数据库（http：//gnomad.broadinstitute.org）：大规模测序数据聚合平台，汇集外显子组和基因组数据，对人群频率进行研究。

5、疾病数据库如HGMD、OMIM、ClinVar、InterVar和ClinGen数据库，提供病患变异的致病性评估。HGMD数据库包含突变标签，OMIM数据库提供疾病信息，ClinVar数据库整合遗传变异、临床表型、支持证据和功能注解。InterVar和ClinGen数据库则分别提供自动化评分和基因组区域、基因和变异评审筛选结果。

基因组数据库有哪些

1、基因组数据库有多个。 国际基因组数据库 这是一个全球性的基因组数据资源平台，涵盖了大量的基因组数据，为科研人员提供基因序列的检索、比对和分析功能。该数据库包含了来自不同物种的基因组信息，包括人类、动植物以及其他生物。它是进行基因组学研究的重要工具之一。

2、序列数据库 序列数据库包含基因组、转录组和其他分子序列数据，为基因组学研究提供了基础资料，用于分析变异、功能预测和进化研究。预测软件数据库 预测软件数据库提供了一系列计算工具，用于预测基因变异的影响，包括错义、剪接位点和核酸保守性预测，有助于评估变异的潜在功能效应。

3、GeneCards数据库整合了基因组、转录组、蛋白质组、遗传、临床和功能信息，提供了所感兴趣基因的全面功能信息，包括基因突变信息、表达、功能以及蛋白互作等。此外，GeneCards还支持各种数据库之间的相互转换。

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