近年来，国内外已有专门培养净化水质的细菌，促进池水的良性循环，达到净化水质的作用。其中，主要的微生态制剂有以下几种：
1.光合细菌
是一种以光作能源，以二**碳或小分子有机物[有机物即为有机化合物。]作碳源、以硫化氢[硫化氢，分子式为H2S，分子量为34.076，标准状况下是一种易燃的酸性气体，无色，低浓度时有臭鸡蛋气味，有毒。]等作供氢体，是完全自养型或光能异养型的一类微生物[微生物包括：细菌、**、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。]的总称。
光合细菌的使用方法为全池泼洒、底播或喷拌在配合饲料上。使用时间好是六月中旬以前，晚不得晚于七月底。使用时要现用现稀释，一定要把好菌液质量关，看其优势菌种和菌液浓度是否符合要求，细菌只有处于指数生长期，才能保证有足量的活菌数，提高使用效果。光合细菌对抗生素[抗生素，是指由微生物（包括细菌、真菌、放线菌属）或高等动植物在生活过程中所产生的具有抗病原体或其他活性的一类次级代谢产物，能干扰其他生活细胞发育功能的化学物质。]比较敏感，所以在使用光合细菌期间，一定要禁止使用抗生素。
2.芽孢杆菌
芽孢杆菌对干燥、高温、高压、**等**环境的抵抗力很强。目前应用的以枯草芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌及芽孢杆菌为主。芽孢杆菌具有芽孢，其产品有以下优点：耐酸、耐盐、耐高温（100℃），比较稳定；具有蛋白酶、脂肪酶[脂肪酶（Lipase，**酯水解酶）隶属于羧基酯水解酶类，能够逐步的将**三酯水解成**和脂肪酸。]、淀粉酶的高活性。
光合细菌和芽孢杆菌在水产养殖中应用非常广泛。实践证明，用过光合细菌和芽孢杆菌后池塘的水色好看了，光合细菌和芽孢杆菌能显着降低水体中有害的氨氮、硫化氢、**酸[**酸是一种弱酸，电离平衡常数Ka=5.1×10^ -4（298K），是区分伯、仲、叔脂肪胺或芳香胺的鉴定试剂。]盐的含量，从而净化水质。
3.硝化细菌[硝化细菌 ( Nitrifying bacteria ) 是一类好氧性细菌，包括**酸菌和硝酸菌。]
硝化细菌是一种好氧细菌，属于自营性微生物，包括2个完全不同的代谢群：一个是**酸菌属，在水中将氨**成**酸，通常被称为“氨的**者”，其所维持生命的食物来源是氨；另一个是硝酸菌属，将**酸分子**成硝酸分子，硝化细菌pH为中性、弱碱性，含氧量高的情况下发挥效果更佳。
4.净水活菌
净水活菌是由多种化能异养菌组成，具有改善水质等多种功能的活菌产品。它们克服了光合细菌不能直接利用大分子有机物和不能分解生物尸体、残饵、粪便等的不足，兼有**、氨化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，不仅能净化水质，还能为单胞藻类的繁殖提供大量营养。
上述有益菌[有益菌一般是指在人体肠胃生长的、对人体健康起到正面作用的细菌或真菌。]的大量繁殖，在池内形成优势菌群，可抑制病原微生物的滋生，减少外塘甲鱼养殖过程中病害的发生。目前，市场上销售的微生态水质调节剂除了光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌外，大多为复合菌剂，即采用上述菌种中的几种混合而成。也有一些厂家生产的微生态活菌制剂采用的是经过基因改造而成的工程菌[工程菌是采用现代生物工程技术加工出来的新型微生物，具有多功能、高效和适应性强等特点。]，但使用较多的还是光合细菌和芽孢杆菌。
