稻田合理施肥，不但可以满足水稻生长的营养需要，促进水稻增产。而且能够繁殖浮游生物[浮游生物泛指生活于水中而缺乏有效移动能力的漂流生物，其中分有浮游植物及浮游动物。]，为鱼类提供丰富的饵料。所以施肥对水稻和鱼类生长都有利。但是，施肥过量或方法不当，会对鱼类产生有害作用。因此，必须坚持以基肥为主，追肥为辅；以有机肥[主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。]为主，化肥为辅的原则。
稻田养殖黄鳝泥鳅后，由于鱼类的增肥作用，土壤有效磷、有效硅酸盐、有效钙、有效镁、有机质含量均高于未养鳝、鳅田。稻田中旋用的磷肥常以钙镁磷肥[钙镁磷肥是用磷矿与硅酸镁矿物配制的原料，在电炉、高炉或平炉中于1350~ 1500 C熔融,熔体用水骤冷,形成粒度小于2 mm的玻璃质物料,经干燥磨细后成为产品。]和过磷酸钙[又称普通过磷酸钙，简称普钙，是用硫酸分解磷矿直接制得的磷肥。]为主．钙镁磷肥施用前应先和有机肥料[有机肥料亦称“农家肥料”。]堆沤发酵后使用，在堆沤过程中，靠微生物和有机酸[有机酸是指一些具有酸性的有机化合物。]的作用，可以促进钙镁磷肥溶解，提高肥效。
有机肥料均需腐熟才能使用，作基肥时应重施，部分可作为鱼类直接提供食料，并促使浮游生物大量繁殖，为鱼的饵料，同时防止有机肥在腐解过程中，产生大量有机酸和还原性[还原性是指在化学反应中**、分子或离子失去电子的能力。]物质而影响鱼类生长。
施肥，基肥占全年施肥总量的70%-80%，追肥20%-30%。注意施足基肥，适当多施磷钾肥，并应严格控制用量。对鱼有影响的主要是化肥，如果按常规用量施用，鱼类一般没有危险。但施放量过大，水中的化肥浓度过高，就会影响水质恶化，影响鱼类生长，甚至引起鱼类死亡。
