危害欧洲鳗鲡的寄生虫主要有车轮虫、杯体虫、斜管虫、小瓜虫[小瓜虫属原生动物门、纤毛虫纲、凹口科、小瓜虫属，主要寄生在鱼类的皮肤、鳍、鳃、头、口腔及眼等部位，形成胞囊呈白色小点状，肉眼可见。]、两极虫、拟指环[指环同“戒指”，以金属或宝石制成的小环，约于指上，作为饰物或信物，今称戒指。]虫、三代虫和鳗居线虫。危害美洲鳗鲡的主要是白点虫、车轮虫、粘孢子虫和指环虫等。
对于寄生虫病[寄生虫病是寄生虫侵入人体而引起的疾病。]，一般采用生石灰彻底清塘来预防，另外可用福尔马林[福尔马林是甲醛的水溶液，是蛋白质凝固剂。](每立方米[立方米，读作lì fāng mǐ，它是体积单位，符号m³（(这个字符的Unicode编码是33A5）），等于每边长为一米的一个立方体的容积，等于一立方米。]水用25-30克)来药浴，每次12小时，隔天1次。也可用中药来治疗，方法是：每立方米水用五倍子4克，煮沸15分钟，和新鲜大蒜10克捣汁混合后全池泼洒[【词目】泼洒 【读音】pō sǎ 【释义】将水或其他细小东西向外倒洒，使散开。]。
对于比较顽固的欧洲鳗鲡拟指环虫，可用如下方法治疗：傍晚换注新水后，将水位降低;每立方米水用甲苯咪唑纯品0.7-1.0克，先用温水化开，全池泼洒，水浴[water bath，化学实验室中以水作为传热介质的一种加热方法。]24小时后换水，并调至用药前水位;每立方米水用福尔马林30克全池泼洒，水浴12小时后加水至原水位。1周后重复1次。
对于鳗居线虫，可以从切断其生活史的途径人手，如定期施用90%晶体敌百虫[敌百虫学名O,O-二甲基-(2,2,2-三氯-1-羟基乙基)膦酸酯，中文别名:敌百虫可溶性粉剂;敌百虫兽用;敌百虫原粉;二甲基-(2,2,2-三氯-1-羟基乙基)磷酸酯;精制敌百虫一种有机磷杀虫剂。](0.3-0.5毫克/升)，可**中间宿主剑水蚤。
在防治寄生虫病时，对欧洲鳗鲡、美洲鳗鲡要慎用敌百虫，更不要用硫酸铜[硫酸铜（化学式：CuSO4），为白色或灰白色粉末。]。
