1、藻类毒素[毒素（英语：Toxin），是指生物体所生产出来的毒物（poison），这些物质通常是一些会干扰生物体中其他大分子作用的蛋白质，例如蓖麻毒蛋白。]
养殖[养殖是指培育和繁殖动植物。]池塘中，微囊藻等蓝藻类、*（甲）藻，膝沟藻等对养殖危害极大的藻类，死亡后分解产生藻毒素，主要是神经毒素[神经毒素是指对神经组织有破坏性的有毒物质。]和肝毒素。
神经毒素使养殖动物神经麻痹，导致[导致是一个汉语词汇，拼音是dǎo zhì，指使产生，促成；引起；造成（常用于不好的结果），语出宋司马光 《太子太保庞公墓志铭》。]反应迟钝、痉挛抽搐、呼吸系统麻痹，严重者死亡；肝毒素导致养殖动物肝中毒，引起肝胰脏肿大、萎缩、坏死，肠炎出血等病理症状。
2、微生物毒素
主要是**，细菌的内毒素、外毒素和真菌毒素。如黄曲霉素、呕吐毒素等，这些因饲料发霉导致的毒素可以导致肝脏受损。
寄生虫同样可以产生毒素，同样可以间接或直接损伤肝脏。
3、有机物[有机物即为有机化合物。]分解有毒[有毒，网络流行词汇，该词的含义并不单一，一方面类似于常见的一个网络词“魔性”的意思，形容事物带来某种精神污染的魔力，让人就像中毒了一样变得魔幻、上瘾。]物质
有机物分解过程中的有毒有害的中间产物和最终产物：如：氨氮、**酸盐、硫化氢、组胺、吲哚等。
4、养殖过程中投入品[投入品(Input）生产过程中所使用的任何资源都是投入品。]的残留
养殖过程中经常使用的消毒剂、杀虫剂[杀虫剂（Pesticide. Insecticide ），主要用于防治农业害虫和城市卫生害虫的药品．使用历史长远、用量大、品种多。]、抗菌药、过量施用化肥等，这些投入品使用后，本身有毒性残留或者本身无毒但与水体的其他物质反应产生新的有毒物质。
这些有毒物质，导致养殖动物肝胰脏功能受损，引起慢性中毒，抵抗力下降，继发感染**细菌，甚至死亡。养殖过程中容易产生有毒有害物质[有害物质是指人类在生产条件下或日常生活中所接触的，能引起疾病或使健康状况下降的物质。]的有：氯制剂、重金属[重金属：相对密度在5以上的金属，称作重金属。]，有机磷、菊酯类杀虫剂，抗生素、化学合成药等。
5、环境污染
农业污水(农药、化肥等)、工业污水(重金属、有机溶剂等)、生活污水、各种富营养化水体、空气污染导致的酸雨等有毒有害物质进入养殖池塘，轻则浮头，重则泛塘。
6、营养过剩[生命处于一种动态平衡的状态，物极必反。]
养殖户追求高营养饲料，导致养殖动物无法充分吸收饲料营养，导致营养过剩，造成水质污染，蛋白能量比不平衡，脂肪酸[脂肪酸（fatty acid），是指一端含有一个羧基的长的脂肪族碳氢链，是有机物，直链饱和脂肪酸的通式是C(n)H(2n+ 1)COOH，低级的脂肪酸是无色液体，有**性气味，高级的脂肪酸是蜡状固体，无可明显嗅到的气味。]败过多的蛋白质转化为脂肪储存，易导致脂肪肝。脂肪酸败导致肝细胞萎缩。
7、pH过高或过低对养殖动物的影响
pH值过高，会腐蚀鳃。过低，会削弱血红蛋白的载氧能力，即使溶氧充足也会表现为浮头。pH值还通过影响其它的环境因子而间接影响养殖动物的生长。
8、其它
在养殖过程中，还有各种各样的未能检测到对养殖动物危害较大的因素。
