实践证明，水质好坏是影响斑点叉尾鮰育苗成败的重要因素之一。斑点叉尾鮰的苗种生产过程并不复杂，但仍有不少育苗场育苗效果不好，诸如孵化[孵化（incubation）是发生于卵膜中动物胚胎，破膜到外界开始其自由生活的过程。]率低、苗的质量差、发病率高等等。这些问题的出现可能与管理不当有关，但更多的是孵化用水水质不好引起的。
1、水源[水源是水的来源和存在形式地域总称。]
虽然任何水源经过处理都可以用于斑点叉尾鮰育苗，但某些水源的处理成本较高，不适用，所以需选择好的水源。常用的水源有**水[**水（ground water），是指赋存于地面以下**空隙中的水，狭义上是指**水面以下饱和含水层中的水。]和地表水[地表水（surface water），是指陆地表面上动态水和静态水的总称，亦称“陆地水”，包括各种液态的和固态的水体，主要有河流、湖泊、沼泽、冰川、冰盖等。]。
一般来讲，**水是斑点叉尾鮰繁殖孵化的最好水源，因为**水通常没有悬浮物[悬浮物（Suspended Solids ）指悬浮在水中的固体物质，包括不溶于水中的无机物、有机物及泥砂、黏土、微生物等。]、未受污染，也不存在病原菌[一种引起疾病的微生物,比如**或细菌、病原微生物又可称为病原菌，是指能入侵宿主引起感染的微生物，有细菌、真菌、**等。]，水温和水化学成分相对较稳定。当然，**水也存在溶氧低、可能含有高浓度[化合物中某种成分含量很高。]的二**碳和硫化氢[硫化氢，分子式为H2S，分子量为34.076，标准状况下是一种易燃的酸性气体，无色，低浓度时有臭鸡蛋气味，有毒。]、水温低等缺点，但在使用时可以通过曝气、增氧、加热、沉淀、过滤等手段使**水符合繁育用水要求。
地表水包括溪流、江河、池塘、湖泊和水库。无污染[无污染是指产品生产、贮运过程中、通过严密监测、控制和有效的预防措施,来防止产品的农药、兽药残留以及放射物质、重金属、有害病原微生物等对畜产品生产及运销各个环节的污染。]的地表水作为水源要优于**水，但目前不受污染的水源很难找到，特别是使用地表水容易带入病原菌。
2、水温
鱼卵孵化和鱼苗培育的适宜温度为26～28℃，如果水温过低鱼卵孵化期就会延长，而且低温时真菌会大量繁殖，影响卵的正常发育；如果水温太高，鱼苗畸形率就会上升，而且水温超过28℃，斑点叉尾鮰鱼卵和鱼苗极易患上细菌病和**病。因此，选用孵化水温最好控制在27℃左右。
3、溶氧
孵化用水溶氧量应保持在4毫克/升以上，除了水源进入孵化池之前要充分曝气外，孵化池中还应架设充气设施，不断充气，并且使孵化池水保持循环状态。
